Segern var Smedby AIS:s sjunde på de senaste nio matcherna.
Första halvlek var mållös, i andra halvlek var Smedby AIS det starkaste laget.
Buster Blosse gjorde två mål och Hanad Abdirisaq Mohamed ett mål för Smedby AIS, målet för Trosa Vagnhärad gjordes av Alexander Jacob.
Trosa Vagnhärad har två oavgjorda tre förluster på de senaste fem matcherna.
Smedby AIS:s nya tabellposition är andra plats, medan Trosa Vagnhärad är på 13:e plats.
Trosa Vagnhärad möter Huddinge i nästa match hemma lördag 6 augusti 14.00. Smedby AIS möter samma dag Nyköping hemma.