Segern var den första efter sex matcher i rad utan seger i division 2 södra Svealand herr i fotboll.
Joakim Karlsson gjorde målen för Smedby AIS, medan Alexander Jacob blev tvåmålsskytt för gästerna.
För Smedby AIS gör resultatet att man nu ligger på tionde plats i tabellen, medan Trosa Vagnhärad är på sjunde plats.
Smedby AIS tar sig an Värmbol i nästa match borta lördag 9 oktober 16.00. Trosa Vagnhärad möter samma dag 14.00 IFK Eskilstuna hemma.