Fountas och Lowe hamnade i en hätsk ordväxling i den 62:a minuten av ligamötet mellan DC United och Inter Miami i amerikanska MLS.
Båda tilldelades gult kort och kort därefter, efter ett samtal med Miamis tränare Phil Neville, valde DC United-tränaren Wayne Rooney att byta ut Fountas.
– Det kom ett klagomål vilket jag är säker på kommer att utredas. Det finns inte mycket mer jag kan säga, sade Rooney efter matchen.
"Avskyvärt uttryck"
Enligt Phil Neville skulle Taxiarchis Fountas ha uttryckt sig rasistiskt, genom att använda n-ordet mot Damion Lowe.
– Jag tycker att det är oacceptabelt i vårt samhälle. Ett ord användes, ett ord som jag tycker är det värsta ordet i världen, sade Phil Neville, som samtidigt hyllade Wayne Rooney för att ha bytt ut Fountas.
Den beskrivningen av skeendet skriver inte Fountas under på. Enligt den grekiske landslagsmannen skulle han aldrig ta det ordet i sin mun.
"Jag använde mig inte av det ordet som jag anklagas för att ha gjort. Det där avskyvärda uttrycket är ett som jag föraktar", skriver Fountas på Instagram.
Den 27-årige anfallaren medger att han och Lowe hade en het diskussion på planen, men förnekar att han skulle ha uttryckt sig rasistiskt.
"Jag tar kraftfullt avstånd från alla typer av rasism, det är avskyvärt. Jag har många vänner från olika kulturer. Jag respekterar alltid alla människors kultur, religion och hudfärg. Jag blir därför väldigt upprörd över de här anklagelserna, och är ledsen över att ha blivit felaktigt anklagad", skriver Fountas vidare.
Händelsen utreds
Inter Miami vann till slut matchen efter ett sent avgörande av Gonzalo Higuaín, men stämningen var trots det dämpad efteråt. Inter Miami-backen DeAndre Yedlin sade att Fountas uttryckte sig rasistiskt när Lowe var på väg ifrån ordväxlingen.
– Om inget hade gjorts hade vi inte fortsatt, sade Yedlin.
– I slutändan känns det inte som en seger på grund av det där otroligt mörka ögonblicket. Nu får vi se vad MLS gör åt det, säger han.
MLS har inlett en utredning av händelsen.