Hemmalagets mål gjordes av Simon Sundkvist och Abdulfatah Yassin, medan bortalagets mål noterades på William Eriksson 2 och Viktor Broström.
Bie har fem förluster på de senaste fem matcherna, medan Malmköping U har två vinster, en oavgjord och två förluster. Det här var Bies sjätte uddamålsförlust den här säsongen.
Resultatet betyder att båda lagen har oförändrad position i tabellen, Bie på tionde och sista plats och Malmköping U på femte plats.
I nästa match möter Bie Vadsbro hemma på lördag 10 september 15.00.