Matchens enda mål kom i andra halvleken genom Zean Ståhl Malabanan.
För IFK Nyköping gör resultatet att man nu ligger på tredje plats i tabellen, medan Malmköping är på åttonde plats.
Nästa motstånd för Malmköping är Kvicksund. Lagen möts fredag 13 augusti 19.00 på Sparbanksvallen.