Bortalagets mål gjordes av Konrad Urbaniak.
Båda lagen har nu en seger, en oavgjord och tre förluster på de senaste fem matcherna, Sjösa med 7-10 och Flen med 7-13 i målskillnad.
Resultatet betyder att båda lagen har oförändrad position i tabellen, Sjösa på åttonde plats och Flen på elfte plats.
Flen tar sig an Oxelösund i nästa match hemma söndag 10 september 15.00.