Huvuddomare Sabrija Topalovic och hans assisterande domare var på väg hem efter matchen när de stoppades i en tunnel av fyra män som färdats i en annan bil.
– Efter att de förstört bilen kastade de in en fackla, säger en polis.
En person fördes till sjukhus och jakten på gärningsmännen pågår.
Under matchen stormades planen av Mostar-supportrar sedan Borac Banja Luka gjort 2–0 i den 82:a minuten. Supportrarna hade redan innan dess protesterat mot ett antal domslut.
2020 dömdes två domare och en tjänsteman i den bosniska andraligans domarkommission till böter för matchfixning, och det är inte ovanligt att domare anklagas för korruption.