En dråplig miss som Schweiz tog till vara på genom att vinna med 2–0.
Lewis varnades i den 23:e minuten och kvarten senare var det över för ytterbacken.
23-åringen sökte efter någon att kasta bollen till, men höll enligt domare Slavko Vincic på alldeles för länge, varpå han tilldelades sitt andra gula kort.
Schweiz tog därefter över matchen och Steven Zuber skickade in ledningsmålet för hemmalaget strax innan pausvilan. Christian Fassnacht fastställde slutresultatet på tilläggstid i andra halvlek.
En förlust som innebär att Nordirland tappar mark på Schweiz i jakten på playoff-platsen. Efter fem spelade matcher har Nordirland sex poäng upp till Schweiz på andra plats i gruppen som toppas av Italien.