I 45:e minuten kom 0-1 till Bie genom ett snöpligt självmål.
I den 71:a minuten kvitterade Melvin Brotö för Malmköping U.
Johan Vallström gjorde det matchavgörande målet i 80:e minuten. Vallström fullbordade därmed Malmköping U:s vändning. Det fastställde slutresultatet till 2-1.
Förlusten var Bies andra uddamålsförlust.
Malmköping U har nu åtta poäng efter fyra spelade matcher, medan Bie är utan poäng efter fem matcher.
I nästa omgång har Bie Vadsbro borta på Vadsbro Idrottsplats, söndag 12 juni 17.00.