Klockorna kommer därefter att ringa under tio minuter fem dagar i rad, för att markera Tutus liv och gärningar.
– Vi ber alla som hör klockorna att ta en paus i sina upptagna scheman en liten stund för att ära ärkebiskop Tutu, säger Thabo Makgoba, den nuvarande ärkebiskopen i Kapstaden, enligt nyhetsbyrån AP.
Allmänheten fortsätter under måndagen att lägga blommor för att visa sin sorg och hågkomst vid både katedral och vid Tutus hem.
Desmond Tutu blir ihågkommen för sitt mod, när han arrangerade protester mot apartheidstyret i Sydafrika trots de undantagstillstånd som då rådde, samt sin princip om att sanningen och rättvisan alltid ska fram.
1984 tilldelades han Nobels fredspris för sina insatser men han är kanske mest känd för att han ledde Sydafrikas Sannings- och försoningskommission, som utredde brott begångna under apartheidsystemet i Sydafrika.
Desmond Tutu blev 90 år. Han kommer att begravas vid katedralen i Kapstaden kommande lördag.