Översten ledde i augusti i fjol den militärkupp som störtade den tidigare regeringen och har sedan dess varit vicepresident i den regering som styrt i väntan på de val som utlysts till nästa år.
Övergångspresident Ba N'Daou och premiärminister Moctar Ouane frihetsberövades i måndags och fråntogs sina poster innan de i torsdags frigavs.