Tjock svart rök syntes under ett par timmar stiga upp från branden mellan Nyhavn och Kongens have i stadens centrala delar.
Larmet om branden kom vid 11-tiden till polis och räddningstjänst, som skickade flera styrkor till platsen. Efter cirka två timmar meddelar räddningstjänsten på Twitter att branden är släckt men att personal kommer att fortsätta arbetet på platsen under dagen.
Taket och underliggande våning har fått brandskador och byggnaden har vattenskadats, twittrar räddningstjänsten.
Inga människor har skadats i samband med branden, uppger Köpenhamnspolisen på Twitter.
Närliggande gator spärrades av under släckningsarbetet.