Räddningstjänsten i staden kämpar mot lågorna och minst 18 personer har skadats i samband med branden som nu rasar på skeppet.
De 18 bekräftat skadade uppges ha fått lindiga skador. Räddningstjänsten i San Diego kämpar febrilt mot lågorna som kommer från det 257 meter långa skeppet. Bland annat används båtar som lagt sig vid skeppet och sprutar vatten på branden.
Totalt 160 personer fanns ombord på USS Bonhomme Richard, som är ett amfibiefartyg, när det började brinna halv nio på morgonen lokal tid. Runt lunchtid hade all personal ombord kunnat evakueras, enligt amerikanska flottan.
Det är ännu oklart vad det är som har orsakat explosionen. Skeppet är för närvarande förankrat på flottbasen i San Diego.