Enligt departementet ägde skottlossningen rum i samband med sammandrabbningar med israeliska soldater i ett palestinskt flyktingläger i södra Västbanken.
Den israeliska militären meddelar att människor som kastade stenar mot fordon på en väg invid flyktinglägret beskjutits.
"(Soldater) såg de misstänkta i anslutning till flyktinglägret... och svarade med att öppna eld mot dem. En träff identifierades", skriver militären i ett uttalande.
Onsdagens händelse äger rum dagen efter att en israelisk soldat skjutits till döds i norra Västbanken. Gärningsmannen är inte gripen i det fallet och en jakt efter den misstänkte pågår. De israeliska säkerhetsstyrkorna letar också efter en gärningsman som sköt ihjäl en israeliska soldat i östra Jerusalem i lördags.