Rebellrörelsen M23 misstänks ha utfört dådet, säger Isaac Kibira, biträdande guvernör i Bwito i Norra Kivu.
De döda hittades på söndagen i Bukombo, cirka 10 mil norr om regionhuvudstaden Goma, sedan rebellerna lämnat området.
Den tutsi-ledda rörelsen M23 blev ökänd för tio år sedan när den intog Goma, nära gränsen till Rwanda. Gruppen har lagt under sig stora områden och har drivit runt en miljon människor på flykt sedan den åter blev aktiv i slutet av 2021, enligt siffror från FN:s organ för humanitär hjälp (Ocha).
M23 är en av över 120 väpnade grupper som är verksamma i östra Kongo-Kinshasa. De flesta är ute efter landområden och kontroll av gruvor med värdefulla mineralfynd medan andra har bildats för att skydda sina samhällen mot attacker.