Geoffrey Berman säger i ett uttalande att han har gått med på att kliva av tjänsten sedan William Barr gått med på att låta Bermans biträdande åklagare, Audrey Strauss, ta över posten, tills dess att en permanent ersättare kan träda i tjänst.
Berman säger att kammaren i Södra distriktet i New York kommer att fortsätta sin tradition av integritet och självständighet under Strauss ledarskap.
Har åtalat Trump-advokat
Det ser ut att bli slutet på en ovanlig strid mellan en amerikansk justitieminister och en federal toppåklagare. Kritiker menar att Berman fick gå för att det gynnar USA:s president Donald Trump politiskt, och varnar för att det underminerar justitiedepartementets självständighet.
Geoffrey Berman utsågs i januari 2018 till åklagare för det södra distriktet i New York. Under sin tid på posten har han bland annat utrett president Donald Trumps personlige advokat Rudy Giuliani. Hans kontor har även åtalat Trumps tidigare advokat Michael Cohen. Berman har också lett utredningen mot den sexbrottsmisstänkte miljardären Jeffrey Epstein.
Trump sparkade
I ett pressmeddelande i fredags meddelade William Barr att Berman skulle lämna sin tjänst och att president Donald Trump skulle nominera Jay Clayton, ordförande för USA:s finansinspektion SEC, till posten, skriver Reuters.
"Jag har inte avgått och har inga planer på att lämna min post", sade Berman själv i ett uttalande några timmar efter det att pressmeddelandet kommit.
Därefter kom uppgifter om att Trump sparkat honom, och på lördagen kom beskedet där Berman gick med på att lämna posten med omedelbar verkan, i och med att han själv fick välja sin efterträdare.