Flera andra platser har enligt polisen genomsökts i samma syfte och sex personer har gripits, inklusive Bolsonaros nära rådgivare Mauro Cid.
Bolsonaro själv har bekräftat för journalister att hans hem har genomsökts och hans hustru Michelle Bolsonaro skriver på Instagram att hennes telefon inte beslagtagits, något flera medier hävdat.
Enligt ett uttalande från den federala polisens medieavdelning "har 16 husrannsakningar och sex gripanden genomförts" och att de "rört uppgifter kopplade till covid-19-vaccinet".
I uttalandet namngavs inte namngav inte Bolsonaro eller Mauro Cid.
Lokala medier har rapporterat att den uttalat vaccinskeptiske Bolsonaros, hans rådgivares och hans familjemedlemmars vaccinkort misstänks ha ändrats.
Bolsonaro nekar till dessa anklagelser.