Enligt uppgift från Trafikverket beror trafikproblemen på en nedriven kontaktledning.
På sträckan mellan Flen och Katrineholm kan endast ett av två spår användas samt att de tåg som passerar sträckan går med kraftigt reducerad hastighet vilket orsakar förseningar.
Just nu är prognosen att felet ska vara avhjälpt först klockan fem på lördagens morgon.
– Vi omleder trafiken och det innebär förseningar. Det påverkar trafiken både mot Göteborg, Malmö och Stockholm, säger Maria Hofberg på SJ:s pressavdelning.
Tågen leds olika vägar beroende på vilket tåg det gäller. Malmötågen leds via Nyköping och Göteborgstågen via Arboga och Västerås.
– De som ska passera den drabbade sträckan har vi till viss del bussersättning för, säger Maria Hofberg på SJ.
Stationer där tågtrafiken kan påverkas:
Alingsås, Aneby, Aspen, Aspedalen, Alvesta, Bodafors, Burlöv, Boxholm, Stockholm C, Diö, Dingtuna, Eslöv, Eskilstuna C, Falköping C, Floby, Floda, Flemingsberg, Flen, Göteborg C, Gnesta, Hjärup, Hässleholm, Hälleforsnäs, Hallsberg, Herrljunga, Huddinge, Hästveda, Höör, Järna, Jonsered, Katrineholm C, Kolbäck, Kimstad, Kolmården, Killeberg, Linghem, Lammhult, Linköping C, Lerum, Lund C, Malmö C, Mellösa, Moheda, Mantorp, Mjölby, Mölnbo, Nässjö C, Nyköping C, Norrköping C, Norsesund, Osby, Partille, Ransta, Stehag, Skövde C, Sala, Stenkullen, Stenstorp, Stockholm Södra, Stångby, Stockaryd, Sävsjö, Sösdala, Södertälje Syd, Tillberga, Tranås, Västra Bodarne, Vårgårda, Vagnhärad, Vingåker, Vislanda, Vikingstad, Västerås C, Årstaberg, Åkarp, Älmhult, Älvsjö, Örtofta