Flyghavre är ett besvärligt ogräs i växtodlingar. Man är enligt lag skyldig att hålla sin mark fri från axat flyghavre. Man får inte heller sprida flyghavren via till exempel transport, utsäde eller foder. Det är därför alla spannmålstransporter är täckta.
Det vanligaste sättet att hålla efter flyghavren i småskalig odling är att gå igenom alla åkrar och för hand plocka flyghavren. Den åtgärden utförs i Mellansverige i slutet på juli. I större skala kan flyghavren bekämpas genom hackrensade grödor eller vall, som hindrar flyghavren att sätta frö och drösa. Höstsådda grödor hindrar flyghavren att komma upp i stor skala då kulturgrödan kväver flyghavrebestånden. De plantor som grott under hösten fryser ihjäl under vintern.