Myndigheten menar efter en granskning av fallet, att den aktuella skolan varken utrett elevens behov eller frånvaro tillräckligt.
Skolinspektionen kräver därmed att nya åtgärder vidtas, senast den 16 december.
Eleven har tidigare fått åtgärdsprogram och anpassad studiegång, men trots detta har hens omfattande frånvaro eskalerat till att bli total.
I anmälan till Skolinspektionen står det att eleven inte fått rätt till sin utbildning eller sitt behov av särskilt stöd tillgodosett.
Eleven klarar inte av att gå i skolan, vilket rektorn, enligt anmälan, inte hörsammar utan betonar i stället att eleven har skolplikt.
Skolan har i sin tur angett att den har haft ett inkluderande arbetssätt för elevens behov och menar att vårdnadshavaren inte sett till att eleven fullgjort sin skolplikt.
Skolinspektionen menar att den har förståelse för att detta är ett komplicerat elevärende, men framhåller att en skola kan ta hjälp av extern expertis i liknande fall.
Myndigheten fastslår också att skolan inte redovisat någon egen övergripande eller grundlig utredning för att ta reda på skälen till att eleven inte fullgör sin skolplikt.
I beslutet, som ställs till skolan och kommunen, fastställer Skolinspektionen att detta är en brist.
Det gör att vårdnadshavaren till eleven reagerar med glädje och lättnad.
– Det är en stor delseger i det hela. Nu finns en framtid, säger hen till tidningen och fortsätter:
– Jag hade velat vara här för några år sedan, så att barnet redan då hade fått känna sig tryggt, att man redan då hade lyssnat på barnet. Men det är skönt för mig, för oss, att få på papper att vi har Skolinspektionen med oss. Samtidigt vet jag som vårdnadshavare att det är skolplikt. Men det är inte lätt att ha ett barn som mår dåligt, och att inte veta hur man ska få rätten till särskilt stöd, anpassning och utbildning.
Johan Söderberg (S), bildningsnämndens ordförande säger i en kommentar att det förstås är ett misslyckande för samhället att en elev inte kan gå i skolan:
– Jag kan inte uttala mig i enskilda ärenden, men generellt kan jag säga från nämndens perspektiv, att när den här typen av ärenden kommer till vår kännedom har det gått ganska långt. Då får man göra en bedömning av hur vägen fram dit sett ut. Men det är klart att det är bra om man kan identifiera fler åtgärder för eleven.