Ett av barnen var till en början medvetslöst.
På söndagen meddelade Karolinska universitetssjukhuset att läget för det barnet är stabilt, rapporterar DN.
– Ett av barnen har vårdats på intensivvårdsavdelning men mår nu bättre, säger Henrik Kennedy, kommunikationsdirektör på Karolinska universitetssjukhuset, till tidningen.
Fyra vuxna var också inblandade i olyckan, men de klarade sig utan skador. Vad som orsakade kollisionen är ännu oklart. Polisen har inlett en förundersökning gällande vårdslöshet i sjötrafik samt vållande till kroppsskada.