59-åringen greps i närheten av sin bostad i Eskilstuna tidigt på tisdagsmorgonen och anhölls av chefsåklagare Tora Holst vid internationella åklagarkammaren samma dag. Han ska nu förhöras av personal från Rikspolisstyrelsens särskilda krigsbrottsgrupp.
Förhören väntas bli mycket långa.
– Än så länge har han bara hörts inledningsvis och vi har förstått att han förnekar all inblandning i folkmordet, säger Tora Holst.
Samtidigt som 59-åringen hämtades av polis i Eskilstuna greps en 52-årig man i Luleå, på samma misstankar. Trots att de två ärendena hör ihop hanteras de vid olika tingsrätter.
– Det finns beröringspunkter mellan de två ärendena men jag kan inte gå in på hur de ser ut i nuläget, säger Tora Holst.
59-åringen bor tillsammans med sin familj i Eskilstuna.
Folkmord är ett av de allvarligaste brott som finns i den svenska lagstiftningen. Straffet kan bli livstids fängelse.
Hittills har bara en person dömts för brottet i Sverige. Den domen gällde också en man i 50-årsåldern som dömdes till livstids fängelse för sin medverkan i folkmordet i Rwanda.
Domen fastställdes i somras då högsta domstolen meddelade att man inte tänkte ta upp fallet till förnyad prövning.
Enligt Tora Holst har det äldre fallet ingen koppling till de båda ärenden som nu utreds i Eskilstuna och Luleå. Hon räknar med att begära de båda misstänkta häktade under torsdagen.